أوصى زعيم "القاعدة" الراحل أسامة بن لادن عناصر التنظيم بتوسيع وتطوير العمليات المتطرفة في الولايات المتحدة الأميركية، وعدم الاقتصار على تفجير الطائرات مثلما حدث في 11 أيلول/سبتمبر 2001، مطالبًا إياهم بأخذ الحيطة والحذر أثناء تبادل الرهائن المحتجزة لديهم، بل وأبدى قلقه الشديد إزاء ذهاب زوجته إلى طبيب الأسنان في إيران؛ خشية زرع أحد أجهزة التتبُع الدقيقة في أسنانها، كما كتب في وثيقة سريّة قبل أربعة أيام فقط من وفاته عن ثورات الربيع العربي.

وتضمنت احدى وثائق التنظيم تعليمات بن لادن والتي ضبطت خلال الغارة على المخبأ الباكستاني لزعيم القاعدة، والتي أسفرت عن وفاته العام 2011، وكشفت عن قلق قادة التنظيم من إمكانية انتشار الجواسيس بينهم، وأجهزة التتبُع السريّة التي ترصد تحركاتهم، في إطار الحرب التي تقودها الولايات المتحدة الأميركية ضدهم على الأرض.

وأفاد مسؤولون في المخابرات بأنه عثر على 113 وثيقة تمّت ترجمتها من قِبل وكالات الاستخبارات الأميركية، ودعا فيها بن لادن أحد مساعديه، الذي عرف بالشيخ محمود، في الفترة من سبتمبر/ أيلول حتى نهاية العام 2010، إلى سرعة التخلص من حقيبة الأموال التي يتسلمها نظير إطلاق سراح الرهينة الأفغاني، الدبلوماسي عبدالخالق فرحي؛ لاحتمال وجود جهاز تتبع بها.

وكشفت الوثائق التي تم الإعلان عنها في مايو/ أيار 2015 عن مدى التزام تنظيم القاعدة بالجهاد العالمي مع الضغط على القيادة الأساسية في باكستان وأفغانستان من جبهات متعددة، وأوضح الرئيس الأميركي، باراك أوباما، أن ضربات الطائرات من دون طيار وغيرها من عمليات مكافحة تنظيم القاعدة بلغت ذروتها عند مقتل بن لادن من قِبل القوات البحرية الأميركية في 2 مايو/ أيار 2011، وفي الأعوام التي تلت ذلك، أثبت التنظيم مرونته من أفغانستان إلى شمال أفريقيا وتنافسه الإيديولوجي مع تنظيم "داعش" الذي نما وانتشر فيما بعد.

وبيّنت وثيقة أخرى أن تنظيم القاعدة أعدم أربعة متطوعين اشتبه بقيامهم بالتجسُّس حتى كشفت براءتهم، حسبما أفاد مسؤولون كبار في المخابرات الأميركية المخول لهم مناقشة الوثائق قبل إطلاقها علانية، وجاء في رسالة غير مؤرخة من مجهولين "أنا لا أذكر ذلك لتبرير ما حدث ولكننا نخوض معركة مخابراتية، والبشر هم البشر وليسوا معصومين من الخطأ".

ووجّه بن لادن رسالة إلى القائد الثاني للتنظيم حينها "عطية عبد الرحمن"،  في 11 مايو/أيار يحثّه فيها على توخي الحذر عند ترتيب مقابلة مع صحافي في احدى الفضائيات، مؤكدًا أن الولايات المتحدة يمكن أن تتبع تحركاته من خلال أجهزة مزروعة في معدات الصحافي أو عن طريق الأقمار الصناعية، وكتب بن لادن في رسالته "يجب أن تضع في اعتبارك أن الصحافي ربما يكون تحت المراقبة سواءً على الأرض أو من خلال الأقمار الصناعية".

وأوضحت الوثائق أنه برغم الضغوط المتزايدة على تنظيم القاعدة، إلا أن بن لادن ومساعديه خططوا لحملة إعلامية للاحتفال بالذكرى العاشرة لهجمات 11 سبتمبر/ أيلول 2001 في نيويورك وواشنطن، وخططوا لاستراتيجية دبلوماسية معبرين عن رأيهم بشأن تغير المناخ والانهيار المالي في الولايات المتحدة.

وانتفد زعيم تنظيم القاعدة في رسالة اخرى غير مؤرخة الرئيس الأميركي باراك أوباما، وغيرها من الجماعات الإسلامية المتشددة، وكتب زوج إحدى بنات بن لادن أبو عبدالله الحلبي.

وجاء في رسالة بن لادن إلى ناصر الوحيشي، رئيس فرع تنظيم القاعدة في اليمن "نحن في حاجة إلى توسيع وتطوير عملياتنا في أميركا وعدم الاقتصار على تفجير الطائرات"، ولفت أحد كبار مسؤولي المخابرات، الذي رفض الكشف عن هويته "كان بن لادن يفكر في تنفيذ المخططات الكبرى مستعيدًا انتصار 11 أيلول، لكنه لم يكن يلمس القدرات الفعلية للتنظيم".

وكشفت الوثائق عن إدارة الشبكات الخارجية لتنظيم القاعدة، بما في ذلك تحديد القيادات القادرة وإيجاد الموارد اللازمة لتمويل العمليات في الخارج، وأوضح أحد المنتسبين للتنظيم في رسالة 2009 باسم "الحبيب عطية" استبدال زعيم غير كفء للعمليات الخارجية، مشيرًا إلى أن أفضل المرشحين قد ماتوا، وجاء في رسالته "هناك بعض الأخوة ربما يكونوا مناسبين في المستقبل ولكن ليس الآن".

وظهر القلق من أجهزة التتبع مرارًا في كتابات التنظيم، حيث تجرى الولايات المتحدة مراقبة إلكترونية واسعة ضد تنظيم القاعدة وغيرها من الجماعات الإسلامية المتشددة، وكتب زوج أحد أبناء بن لادن أبو عبدالله الحلبي، والذي حددته الولايات المتحدة، باسم محمد عبدالله حسن أبوالخير، رسالة جاء فيها "إلى أخي المحترم خالد"، وتناولت الرسالة اعتراض رسائل الجواسيس في باكستان، وأنها تسهل الغارات الجوية على عناصر تنظيم القاعدة عن طريق وضع علامات على السيارات يمكن رؤيتها من خلال معدات الرؤية الليلية.

وأعرب بن لادن، في رسالة أخرى، باستخدام اسم مستعار "أبو عبدالله" عن قلقه إزاء ذهاب زوجته إلى طبيب الأسنان أثناء وجودها في إيران؛ خشية زرع إحدى رقاقات التتبع في حشو أسنانها، وجاء في الرسالة "يعادل حجم الرقاقة طول حبة القمح أما عرضها فيماثل عرض الشعيرية"، وانتهى الخطاب بتعليمات بتقطيع الخطاب بعد قراءته.

وكشفت احدى الوثائق وصية وضعها بن لادن مكتوبة بخط اليد  يعتقد مسؤولو الاستخبارات الأميركية أنها توضح الكيفية التي أراد بها بن لادن توزيع 29 مليون دولار في السودان من أجل الجهاد العالمي بعد وفاته، وأوصى بأن يذهب 1% من 29 مليون دولار إلى أحد كبار مسلحي القاعدة، محفوظ أولد الوليد، الذي استخدم اسم "أبو حفص الموريتاني"، وأوضح بن لادن في رسالته أن الوليد تلقى منها بالفعل ما يترواح بين 20 إلى 30 ألف دولار، وأنه وعده بمكافأة عند انتهاء مهمته مع الحكومة السودانية.

وعاش بن لادن في السوادن لمدة خمسة أعوام كضيف رسمي حتى طلب منه المغادرة في مايو/ أيار 1996 من قِبل الحكومة الأصولية الإسلامية حينها بعد ضغط من الولايات المتحدة، بينما بيّنت وثيقة أخرى المبلغ الذي يجب أن يذهب إلى المساعد الثاني، وهو المهندس أبو إبراهيم العراقي، لمساعدته في إنشاء شركة بن لادن للمرة الأولى في السودان، وحثّ بن لادن أقاربه لاستخدام ما تبقى من الأموال لدعم الجهاد، وجاء في الوثائق بن لادن "أتمنى أن يطيع أشقائي وشقيقاتي وأعمامي وصيتي وأن ينفقوا كل الأموال التي تركتها في السودان على الجهاد من أجل الله".

وحدَّد بن لادن، مبالغ معينة بالريال السعودي والذهب، يجب تقسيمها بين والدته وابنه وابنته وأحد أعمامه وأطفال أعمامه وعماته، وفي رسالة بتاريخ 15 أغسطس/ آب 2008 طلب أن يتولى والده رعاية زوجته وأولاده حال وفاته أولاً، وجاء في رسالته "والدي الغالي أعهد إليك برعاية زوجتي وأولادي والسؤال عنهم دائمًا ومتابعتهم ومساعدتهم في الزواج وفي حاجاتهم، وأطلب منك أن تسامحني إذا فعلت ما لا تحب".